./configure le verra et ne fera pas le makefile si la dépendance n'est pas remplie.
Rien de plus simple pour la dépendance, voire même la compilation qui échouera si automake et autoconf ne sont pas utilisés (y a des fous partout !).

Avec ça je n'ai jamais eu de problème, la plupart de mes applications sont issues des SVNs car la stabilité des applications GNU/Linux même encore en développement force le respect.

Bon par contre je n'irais pas compiler des applications comme Firefox, KDE ou Ooo.org non plus.