Je ne vois pas ça comme ça pour deux raisons :

1. Si il a fait sa descendance avant de revenir se tuer, le problème ne se pose plus : le bonhomme de l'an 3000 peut tuer celui de l'an 2000 sans problème, et sans y passer à son tour, vue que sa vie ne dépend plus de celle de son géniteur.

2. Ton avalanche de si est étrange : ce n'est pas parce qu'il projette de se tuer que son passé n'existe pas, ce n'est pas parce qu'il revient dans le passé qu'il ne s'y verra pas, et ce n'est pas parce qu'il tue son ancêtre qu'il n'a pas pu faire tout cela avant (puisqu'on est dans un autre espace temps, qui ne dépend pas de l'espace temps où il revient).
Ou alors il faudrait conclure qu'on ne peut pas revenir dans le temps si on est prédestiné à tuer son aïeul.

il ne peut plus tuer son alter-ego du passé, et donc tout ce qui vient de se passer dans le passé n'a jamais existé

On ne peut pas raisonner comme ça dans deux espace temps distincts justement.