Il y a des systèmes de calendrier avec 13 mois (dans le calendrier romain il y a une année sur 3 qui a 13 mois, dans le calendrier hébraïque, toujours utilisé, 7 années sur 19 ont 13 mois) ; l'origine du nombre de mois vient des lunaisons plutôt que d'un souci de divisibilité.

D'ailleurs ce problème de divisibilité ne me paraît pas tellement un obstacle quand il s'agit du temps. On n'a pas vraiment besoin de couper l'heure en trois (on parle de "quart d'heure" mais pas de "tiers d'heure"), et de toute façon on trouve facilement ses repères sur le nouveau découpage du temps. Le problème a bien moins d'importance que pour les longueurs et les poids (les systèmes non métriques faisaient aussi souvent usage de la base douze).

C'est vrai qu'il aurait été préférable dès le début de tout compter en base douze, mais c'est un problème plus profond que le système métrique ^^

Tout ça amène une autre question : par quel procédé évolutif saugrenu est-on arrivé à avoir 5 doigts par main?