r043v (./6) :
pour tes script php (que tu doit compresser et envoyer à la main avec le bon header)

pas nécessairement : le serveur web (que ça soit Apache, nginx, ou probablement autre) peut très bien gérer la compression lui-même ; tu as juste à lui demander de compresser le text/html, et les pages HTML seront compressées, qu'elles soient générées par du PHP ou pas.
D'ailleurs, avantage : de la sorte, ce n'est pas à toi de détecter si le navigateur client supporte ou non la compression.

Minifier le code HTML (supprimer les espaces), tu gagneras peut-être quelques milliers d'octets sur le code HTML "brut" ; mais si tu actives la compression au niveau de ton serveur web, le gain apporté par la minification sera lui aussi "compressé"
=> A terme, à toi de voir : est-ce que le gain de quelques Ko apporté par la compression vaut le coup, par rapport au temps CPU que tu vas passer à effectuer sur cette minification ? Surtout si tes pages sont 100% dynamiques, et pas cachées (et que, donc, la minification doit être effectuée à chaque chargement de page -- contrairement aux fichiers JS/CSS statiques, pour lesquels la minification peut être effectuée une et une seule fois, lors du déploiement)