KDE est passé à ça dans KDE 4 (ils utilisaient les autotools dans KDE 3) et pour les mainteneurs des portages Window$ et Mac disent que ça leur a beaucoup simplifié la vie.
En revanche, le support pour la cross-compilation (genre compiler des binaires Window$ sous GNU/Linux) n'est prévue que pour la prochaine version majeure.
Actuellement, c'est peut-être possible en bidouillant, mais pas supporté. Mais ils disent que leur support pour la cross-compilation sera meilleur que celui des autotools, on va voir.