Après quelque recherches supplémentaires et expérimentations j'ai trouvé une bonne solution qui fait exactement ce que je lui demande et qui ne necessite qu'un seul .htacess! De plus si je rajoute des sous dossiers, je n'ai aucune modif à faire ça marche toujours!
Donc en fait j'ai mis à la racine de mon site un fichier .htaccess qui contient:
Options -Indexes ErrorDocument 403 http://mondomaine/index.php ErrorDocument 404 http://mondomaine/index.php
Le 403 c'est pour rediriger l'utilisateur quand il veut parcourir un dossier qui existe, et le 404 c'est pareil mais pour les dossiers qui n'existent pas. Les fichiers restent acessibles directement pour peu qu'on sache leur nom (mais ça ça ne me dérange pas).
Voilà, tout beau, tout propre, tout simple, du code comme on l'aime

Merci encore de votre participation! En espérant que ça serve à d'autres personnes.
EDIT: Si un admin passe par là, qu'il mette résolu. Merci!