C'est EXACTEMENT ce qui est sur la madeleine et un "micro USB" pose de gros soucis pour etre mis sur le PCB.
Le CPLD ce n'est pas le nombre d'IO qui coince, mais le nombre d'element logiques (LE). Si tu veux plus de LE il faut plus de pattes, tu n'as pas le choix.
Le CPLD que j'utilise dans la madeleine est deja plus gros qu'un bandai 200x en taille, ce qui laisse globalement moins de place sur le PCB.
Pour comparaison, le PCB du WonderWitch:

Le PCB de la madeleine:

Tous les composants ne sont pas sur cette photo (il manque les resistances et condo + le régulateur pour le CPLD)
Tu n'as des masses d'espaces, il y a beaucoup de pistes, changer la place du CPLD par exemple demande de complètement rerouter la carte (et pas dit que ca soit simple)
L'emplacement pour un connecteur a droite a été assez difficile a mettre en place malgres le peux d'IOs que ca demande, et ce connecteur n'est pas adapté. Un port USB-C prend quasiment 2 a 3x plus de place sur le PCB et demanderais de changer la place de quasi tous les composants.
On peu gagner un poil de place avec une pile plus petite ou un support plus petit, mais il y a des limites. Les resistances et condo aussi seront plus petit sur la version finale mais le gain en place n'est pas si enorme.
Le probleme de la wonderswan c'est qu'on a 40 fils du connecteur cartouche + tous les fils d'address en plus qui vont vers la SRAM et la Flash, ca en fait des fils a router.
Oh et tu ne peux pas mettre de composants sur l'autre face, ca serait trop simple.
(tiens l'anti hotlink trig pour yN? il me semblais l'avoir whitelisté)