Alors sans vouloir casser l'ambiance, autant c'est un projet intéressant sur le plan conceptuel, autant imaginer que l'utilisateur moyen d'un émulateur va se préoccuper des permissions (et comprendre leurs implications) me semble relever du doux rêve

. Il suffit de voir ce qui se passe avec les applis mobiles...
L'autre souci lié, c'est que, que vous le vouliez ou non, vous serez en "concurrence" avec tous les autres émulateurs existants. Si on regarde objectivement, les critères habituels du choix d'un émulateur plutôt qu'un autre sont généralement :
1) les performances. Là-dessus, je doute que vous soyez meilleurs que les autres, parce que le système de permissions et d'extensibilité va forcément avoir un coût : non seulement ça prend du temps CPU, mais ça va aussi vous empêcher d'utiliser certaines optimisations.
2) la précision de l'émulation. Ça va être difficile de faire mieux que des émulateurs qui ont des années de décorticage des cas tordus derrière eux, et dont certains essaient même d'être cycle-accurate.
3) les fonctionnalités annexes. Vous partez de zéro, donc il y a tout à construire...
À noter que la sécurité est un critère qui n'est presque jamais pris en compte. On peut penser que c'est un tort, et j'aurais tendance à être d'accord avec ce point de vue, mais on ne peut pas forcer les gens à s'intéresser à quelque chose qui ne les intéresse pas. Donc si vous êtes meilleurs sur un critère considéré comme accessoire, mais moins bons sur les critères principaux, vous risquez de ne pas attirer grand-monde. Les esprits chagrins vous diraient que ça ne sert à rien de concevoir un système de permissions super-évolué si au final, personne à part vous n'écrit de plugins pour votre émulateur.
L'autre problème de vouloir permettre aux scripts de tout faire, c'est que ça va nécessiter des hooks absolument partout dans le code, et une liste de permissions interminable (surtout si vous voulez que ce soit granulaire, plutôt que d'avoir des catégories générales). Autrement dit, un gros risque de travail titanesque qui débouche sur une usine à gaz.
Maintenant que j'ai fini de vous casser le moral, quelques conseils quand même :
- ne mettez pas trop d'attentes dans ce que pourrait apporter la communauté, parce que même avec le meilleur projet du monde, c'est complètement imprévisible (et parfois/souvent cruel : indifférence, critiques négatives, personnes qui promettent des choses qu'elles ne feront jamais...). Faites d'abord le projet pour vous-mêmes.
- plutôt que d'essayer de "vendre" un concept abstrait, imaginez et implémentez une feature qui n'existe pas sur les autres émulateurs, et qui ait de l'intérêt pour les joueurs. Non seulement ça donne une raison de s'intéresser à votre projet, mais en l'implémentant, ça vous fera aussi découvrir des éventuels points faibles de la conception qui ne sont pas forcément apparents à priori.
- si vous pouvez avoir quelqu'un d'extérieur à l'équipe qui travaille sur son plug-in (peut-être un autre étudiant ?), c'est encore mieux : ça vous permettra de détecter ce qui est évident pour vous mais pas forcément pour les autres, de recueillir des cas d'utilisations/contraintes/suggestions auxquels vous n'aviez pas pensé, etc.
- n'hésitez pas à revoir à la baisse vos ambitions si vous vous rendez compte que vous allez vers une impasse (ou quelque chose de trop ambitieux compte-tenu de vos contraintes), ou simplement à dire "on fera ça plus tard". C'est toujours plus motivant d'avoir quelque chose qui tourne, même si c'est très incomplet, qu'un magnifique design qui reste sur papier parce que la motivation n'est plus là. Et on ne peut pas bêta-tester quelque chose qui ne tourne pas.
En tout cas, je suis certain que quelque soit le déroulement du projet, vous apprendrez beaucoup de choses -- y compris des choses que vous n'aviez pas prévu. Bon courage

(et désolé pour le pavé de texte).