À ma connaisance, la base de registre n'est pas obsolète et est loin de l'être. (C'est juste interdit pour les applications "Modern UI", mais vu que la quasi intégralité de Windows repose sur ce composant du système…)
Si tu prends l'exemple d'une plateforme comme .NET, l'intégralité de la configuration (à peu de choses prêt) est effectuée dans des fichiers XML (.config), que ce soit au niveau machine / serveur web / application / utilisateur. (La possibilité d'utiliser la base de registres est toutefois disponibles pour les paramètres application / utilisateur, avec un moindre effort, ce n'est juste pas le moyen par défaut ^^)
Par contre, si tu regardes la plupart des applications de Microsoft, tu as une palanquée de réglages stockés en registre, et ce n'est sans doute pas près de changer. (Peut-être avec la migration vers WinRT… Mais je n'y crois pas trop)
Pour ce qui est du stockage des fichiers, je pense que Zerosquare a tout dit en
./8. Il existe plus ou moins le même principe pour la base de registres : HKLM/Software/ pour les paramètres machine, HKCU/Software/ pour les paramètres utilisateur. (Il n'y a pas de notion de roaming par contre)
C'est loin d'être compliqué à utiliser pour stocker et récupérer des valeurs, mais ce n'est pas portable. Cependant, selon l'utilisation que tu en fais, c'est au minimum strictement équivalent à ce que tu ferais dans un fichier .ini basique (en pratique, c'est plus à cause de la structure en arbre et du typage des valeurs), donc ça peut bien se coller à une utilisation dans une librairie de configuration type .ini multiplateforme.
Le seul vrai "point noir", qui explique peut-être (en partie) le post
./13, c'est que tu ne peux pas juste copier coller un fichier pour recopier la configuration d'un PC à un autre. Cependant, pour une configuration simple, il suffit d'exporter la clé registre principale de l'application dans un fichier .reg pour pouvoir l'importer sur un autre PC. (Au final ce n'est pas plus ou pas moins le bordel qu'avec des fichiers de configuration, mais ça a l'avantage de ne pas trop polluer le disque en utilisation normale)