Je ne dis pas que c'est pas bien, je dirais "c'est (assez) moins bien" que l'anime. Le développement de l'aventure est assez différent de l'un à l'autre, notamment le développement des personnalités qui est quasiment oublié.
Hideaki Anno (l'auteur de l'anime) a fait là une série de génie. Mais comme il était "trop cher" pour le manga, les droits ont été reversés à un autre auteur (Yoshiyuki Sadamoto), moins regardant sur son salaire. Alors certes le graphisme est très respecté, mais l'histoire s'en ressent.
(Quatre films supplémentaires vont sortir, le premier vers mi-2007)
Bref, c'est mon exemple phare de mauvaise adaptation d'un niveau à l'autre. Le problème est qu'une "vraie" transposition, qu'on ne pourrait critiquer, serait totalement identique d'un support à l'autre, et là on cherche à quoi cela sert. C'est paradoxal, ce qui peut être le plus réussi est aussi ce qui apporte le moins d'intérêt.
Un exemple dans l'autre sens, manga-anime, City Hunter devenant Nicky Larson. Qui n'aime pas Nicky Larson, franchement

mais quand on lit le manga, on regrette que le côté "adulte" (en particulier tout ce qui est en dessous de la ceinture) soit oublié (censuré ?) dans l'anime. Le nettoyeur professionnel et comique mais obsédé devient un gros nounours qui n'offusquerait même pas une grenouille de bénitier.
Et l'anime Love Hina est un massacre.
Et Ségogo qui retourne au Japon dire que le manga, c'est trop violent pour la jeunesse. Le Japon, c'est quand même un pays où le hentai est presque culturel, des mangas, animes et même jeux où on peut trouver des gamines violées par des monstres tentaculaires... tout en ayant un des taux de crimes sexuels des plus bas de la planète (certains spécialistes pensent justement que ça vient de cela, les gens peuvent évacuer leurs fantasmes et frustrations au travers de l'hentai)